Le Saint Siège n'a pas voulu laisser Mgr Zanic condamner Medjugorje en 1986.
Rome a alors dessaisi l'évêque du lieu, Mgr Zanic.
Ceci est un fait très rare (presque unique) dans l'histoire de la reconnaissance d'apparitions, car c'est toujours l'évêque du lieu (et lui seul ) qui juge.
Le jugement sur les Apparitions de Medjugorje a été donné par le Cardinal Ratzinger à la Conférence Episcopale de Yougoslavie qui a nommé une nouvelle Commission.
Fait à noter: ce n'est plus Mgr Zanic qui préside cette nouvelle Commission, mais un évêque réputé favorable aux Apparitions de Medjugorje, Mgr Komarica de Banja Luka.
D'ailleurs, Mgr Komarica vient célébrer la messe à Medjugorje le 21 novembre 1990 où il déclare en substance dans son homélie: "La Commission reconnaît les fruits de Medjugorje."
Mais quelques jours plus tard, le 28 novembre, la Commission envoie un texte non destiné au public, mais aussitôt révélé
par une indiscrétion. Voici ce texte:
"Sur la base des recherches jusqu'ici conduites, le caractère surnaturel des apparitions et révélations n'est  pas établi."
Ce texte n'était pas un jugement définitif. Il voulait simplement dire que pour le moment la Commission ne pouvait encore
définir les Apparitions comme étant authentiques, mais que rien n'empêchait qu' à la fin des événement, ou plus tard dans l'avenir, elle pourrait, en ayant d'autres éléments, avoir un autre avis.
Cela était seulement une opinion  exprimée en cours de route, car comment juger définitivement un tel événement hors du commun, alors que les Apparitions se produisent encore tous les jours?

L'Eglise doit attendre la fin des Apparitions pour se prononcer.
La Commission a pris ses précautions pour que son texte ne soit pas interprété de travers, elle a utilisée l'expression latine
de "Non constat de supernaturalitate."
Cela veut précisément dire que dans l'état actuel des études il n'est pas encore possible d'affirmer la "surnaturalité" des Apparitions, mais que cette possibilité reste ouverte une fois les événements achevés et toutes les données en cause
analysées à fond.
Il existe d'ailleurs une autre expression technique et canoniquement employée, c'est la déclaration dite de "Constat de non supernaturalitate" -qui elle, au contraire, indique que les Apparitions sont déclarées non authentiques de façon définitive.

L'Eglise ne s'est donc pas prononcée sur Medjugorje de façon définitive.
Ceci est le point de vue officiel, comme l'a confirmé le Cardinal Ratzinger lui-même en septembre 1991 lors d'une conférence
à Vienne: "Nous sommes ouverts, a-t-il déclaré. La Commission poursuit son travail, il faut donc encore attendre
(une décision finale) et prier."

Enfin, le 11 avril 1991, la Commission se réunit à Zadar pour faire une annonce solennelle dans laquelle elle déclare le "Non constat de supernaturalitate" (voir ci-dessus) mais ajoute:
"Les rassemblements nombreux de fidèles de divers endroits qui viennent à Medjugorje poussés par des motivations
religieuses ou autres, exigent l'attention et le soin pastoral en premier lieu de l'évêque diocésain et aussi ceux d'autres évêques avec lui, pour qu'à Medjugorje, et en lien avec lui, une saine dévotion envers la Vierge Marie soit promue,en accord avec l'enseignement de l'Eglise.
Dans ce but, les évêques donneront des directives liturgico-pastorales spéciales et convenables.
Aussi à travers leurs commissions, ils continuerons à observer et à examiner la totalité des événement de
Medjugorje."
Le plus important dans cette déclaration est la dernière phrase qui dit clairement que le jugement de l'Eglise n'est pas encore donné, puisqu'il faut encore étudier "la totalité des événements", c'est à dire attendre la fin des Apparitions pour pouvoir
les juger.
En même temps, la déclaration accepte le fait du pèlerinage à Medjugorje et demande aux évêques leur "soin pastoral", et ce non pas seulement à l'évêque du lieu.
Ainsi la Commission accepte Medjugorje comme lieu de prière et dit qu'il faut continuer les investigations.

Une polémique a eu lieu au milieu des années 90, notamment  en France, où certains prêtres et même certains évêques
disaient que les pèlerinages à Medjugorje étaient interdits.
Le 6 août 1996 le Pape, par la voix de son porte-parole le Dr Navarro-Valls, a fait un démenti cinglant:
"Vous ne pouvez pas interdire aux pèlerins d'aller à Medjugorje!
Sauf si les Apparitions ont été prouvées fausses. Cela n'étant pas le cas, toute personne peut s'y rendre si elle le désire."

Pour finir le nouvel évêque de Mostar, Mgr. Peric, a fait une déclaration en 1998 disant que Medjugorje a déjà été condamné par l'Eglise.
Là encore le Vatican est intervenu par une lettre de la Congrégation de la Foi du 26 mai 1998, en précisant que les
déclarations de l'évêque de Mostar étaient le reflet de ses convictions personnelles, mais qu'elles ne correspondent pas
au jugement de l'Eglise catholique.